Builder2018 をデフォルトでインストールしました。
D:\aaa フォルダを IISルートにして　ブラウザ上ではlocalhost:8500/index.cfmが正しく表示されますが、
Builderから実行すると「選択したファイルはサーバーのドキュメントルートにありません。プロジェクトのプロパティ／ColdFusionプロジェクトを、、、」エラーメッセージが出て表示されません。

cfmソースをインストールしたc:\coldfusionbuilder2018\配下以外に設定(D:\aaa)してBuilderにて操作するにはどのような設定にすれば良いのかお教えください。

「ColdFusionプロジェクト」を登録して、プロジェクトに含まれる.cfmファイルを開いて「実行」しないと表示することができません。

また、登録したColdFusionプロジェクトをどのバージョンのColdFusionで実行するかの「CFサーバー」の登録も必要です。

古いバージョンの情報となりますが、下記のサイトを参考にColdFusionプロジェクトの登録をお試し下さい。
http://forum.samuraiz.co.jp/samu03_04.html
※プロジェクトの場所を直接Webルートに指定しています。プロジェクト管理用のファイル・フォルダ（.project, settings.xml, .rdsTempFiles, .settings）がその場所に作成されますので、
　開発やテスト環境では問題ないですが、本番環境では必要のないファイルなのでプロジェクト管理用の
　ファイルはコピーしないでください